Dorobek poetycki Sępa do naszych czasów w całości nie dotrwał. Znamy jedynie niewielki tomik zatytułowany Rytmy abo Wiersze polskie. Utwory wchodzące w skład tego zbioru powstały zapewne w latach 1568-1581; wydane zostały w roku 1601 przez brata poety, Jakuba. Obejmują one  sonety (miedzy innymi Sonet I. O krótkości i niepewności na świecie żywota człowieczego, Sonet IIII, O wojnie naszej, którą wiedziemy z szatanem, światem i ciałem, Sonet V. O nietrwałej miłości świata tego), pieśni (między innymi Pieśń I. O Bożej Opatrzności na świecie) i parafrazy kilku psalmów oraz ponad dwadzieścia nagrobków i fraszek - pisanych po łacinie i po polsku. Sępowi przypisuje się też erotyki z tzw. rękopisu Zamoyskich.

Sęp Szarzyński, zastanawiając się w swoich utworach przede wszystkim nad sensem życia i człowieczą kondycją, unikał gotowych formuł; zadawał pytania i zgłaszał wątpliwości. Jednocześnie poddawał rewizji stereotypy utrwalone w epoce renesansu, takie jak harmonia, stoicki umiar, przeświadczenie, że źródłem szczęścia jest stabilizacja, pokój. Życie ujmował jako "bojowanie", zmaganie się "z szatanem, światem, ciałem", z wszelkimi pokusami życia, jako dążenie do celu, którym jest "byt podniebny", kraina wiecznej wiosny. Przekonany, że równowaga nie jest osiągalna, z wyjątkową natarczywością powracał do motywów niepokoju i trwogi, grzechu, pokuty i śmierci (szczególnie wyrazistych w parafrazach psalmów). Człowiek, "wątły, niebaczny, rozdwojony w sobie", zmaga się - podkreślał - z sobą i ze światem, ze sprzecznościami, niebezpieczeństwami i złudzeniami; staje nieprzerwanie wobec konieczności dokonywania odpowiedzialnego wyboru. Dysponując wolną wolą, musi się sam zdobyć na heroiczny krok, Bóg bowiem nikogo w jego wyborach nie wyręcza. Człowiek głęboko odczuwa swoje osamotnienie, choć nie wątpi w działanie Opatrzności; uwikłany w sprzecznościach - nieustannie poszukuje. Kres tym zmaganiom i poszukiwaniom kładzie śmierć.

W takich pieśniach, jak O Fridruszu, który pod Sokalem zabit i O Strusie, który zabit na Rastawicy ukazał Sęp Szarzyński bohaterstwo obrońców chrześcijaństwa, niewolnych od rozterek i dramatycznych decyzji: ocalić życie czy zgodnie z etosem rycerskim zginąć w nierównej walce. W obu pieśniach skupił poeta uwagę na dynamice napięć emocjonalnych, przedstawił bohaterów w ruchu, pędzie, w samotnych zmaganiach z własną naturą i wrogiem oraz w heroicznej śmierci.

Poezja Sępa, wyrastająca z tradycji antycznej i renesansowej,  mieści się w nurcie twórczości manierystycznej. Sytuuje się w opozycji wobec renesansowego optymizmu, głosi sceptycyzm, wyraża wewnętrzne rozdarcie człowieka, dramat jego osamotnienia. Przemawia  paradoksami i konceptami, nagromadzeniem figur słowa i myśli, szczególnie licznymi elipsami, inwersjami, antytezami, oksymoronami.